Formation en paléo/archéo-génomique pour les archéologues et archéobiologistes
(incluant une introduction en paléoprotéomique)

Université de Paris, CNRS, Institut Jacques Monod
Organisation : Eva-Maria Geigl

Date limite d’inscription : 4 OCTOBRE 2021
Modalités d’inscription : Merci de remplir le formulaire d’inscription via le lien ci-après et le renvoyer par courriel, validé par le Directeur d’unité. https://www.vjf.cnrs.fr/limesurvey2/index.php/921143/lang-fr

Inscription: Astrid Appert astrid.appert@cnrs.fr
Renseignement pédagogique : Eva-Maria Geigl eva-maria.geigl@ijm.fr

Constat de départ
L’écart méthodologique et conceptuel entre les disciplines de l’archéologie (archéozoologie, paléontologie, [paléo]anthropologie, archéozoologie et archéobotanique) et la génétique est un facteur limitant une collaboration pleine, entière et fructueuse entre ces disciplines et induit des erreurs d’appréciation des résultats et de leurs interprétations. L’objectif de la formation est donc de permettre aux archéologues, archéobiologistes et paléontologues, d’acquérir une vision transversale des points saillants de la paléo/archéo-génomique afin de leur faciliter l’intégration des concepts issus de ces approches qui sont pertinents pour leur propre discipline.
Cette formation s’adresse d’abord aux agents du CNRS, mais aussi des universités, de l’INRAP, des musées et des services d’archéologie ainsi qu’aux acteurs du privé en archéologie.
Enjeux
La formation procurera un enseignement sur les bases de la génétique, les spécificités de la paléo/archéo-génomique, des aspects techniques importants, les bases de la bioinformatique et des méthodes statistiques, ainsi que les contraintes des référentiels utilisés. Les cours aborderont les potentiels et limites des analyses paléogénomiques, les protocoles de prélèvements sur le terrain et de conservation, l’impact de certains traitements ou expositions des os sur la préservation de l’ADN, les difficultés de l’analyse
paléogénomique des sédiments, la distinction entre séquences contaminantes et séquences « fossiles » authentiques. La paléoprotéomique sera aussi présentée.
Afin de pouvoir s’adresser à un public large, il est attendu que les participants s’impliqueront dans une préparation active par la lecture préalable d’articles qui seront traités lors de la formation. La formation devrait s’étaler sur deux jours pour pouvoir délivrer un enseignement sur les bases de la génétique, les spécificités de la paléo/archéo-génomique, les aspects techniques importants, les bases de la bioinformatique et des méthodes statistiques, ainsi que les contraintes des référentiels utilisés. Les conférences vont être filmées et mises en ligne.


Objectifs
Action de formation et d’information dans le domaine de la paléo/archéo-génétique-génomique et -protéomique pour les archéologues, paléontologues, paléoanthropologues, archéozoologues et archéobotanistes qui devrait permettre aux agents des différentes communautés des archéosciences:
• de mieux appréhender ce que la paléo/archéo-génomique apporte et peut encore apporter à l’archéologie et aux archéosciences,
• de mieux appréhender la façon et les modalités selon lesquelles elle peut enrichir les connaissances dans le domaine des archéosciences mais aussi ce qui limite ces apports,
• de mieux appréhender en quoi les autres disciplines apportent un cadre d’interprétation indispensables à la paléogénomique.
• de se faire une idée de l’apport de la paléoprotéomique aux archéosciences

Axes pédagogiques du programme
Les cours devraient aborder les potentiels et limites des analyses paléo/archéo-génomiques, les protocoles de prélèvements sur le terrain et de conservation, l’impact de certains traitements ou expositions des os sur la préservation de l’ADN, les dangers de l’analyse paléogénomique des sédiments, la distinction entre séquences d’ADN contaminantes et séquences « fossiles » authentiques. Un volet important sera consacré à l’analyse bioinformatique et statistique des séquences d’ADN produites. Par contre, il ne s’agit pas d’une formation dans ces domaines pour les personnes directement impliquées dans les approches archéomiques, mais d’une initiation aux concepts pour les acteurs en archéosciences. La paléoprotéomique sera également traitée lors de ces journées de formation. Finalement, la structuration actuelle de la communauté internationale, les spécificités des différents laboratoires en paléo/archéo-génomique, les contraintes de publications, les aspects éthiques seront présentés.

Programme
Axe 1 Acquisition des notions de base. Introduction dans le domaine de la biologie, puis de la génétique, puis de la génétique des populations, puis de la paléo/archéogénomique et archéogénétique : historique, concepts et méthodes, limites et pièges
Axe 2 Comprendre les pratiques. Les pratiques de la paléo/archéo-génomique et paléoprotéomique depuis le terrain sur les sites archéologiques (prélèvement) jusqu’aux analyses bioinformatiques des séquences génomiques incluant les questions des référentiels
Axe 3 Collaboration entre archéologues et généticiens : nécessités absolues, recommandations, malentendus ; langages particuliers spécifiques aux domaines ; questions éthiques ; contraintes de publication, structuration internationale du domaine de la paléo/archéo-génomique ; exemples de collaborations réussies

24 janvier 2022 – après-midi
• Introduction dans la biologie et la génétique : Eva-Maria Geigl, Fabien Fauchereau
• Introduction dans la génétique et la phylogénie : Pierre Kerner
• Introduction dans la génomique et les techniques de séquençage : Thierry Grange
• Introduction dans la génétique des populations : Guillaume Achaz
25 janvier 2022 – matin
• Introduction dans le domaine de la paléo/archéo-génétique et la paléo/archéo-génomique : particularités, pratiques, analyses bioinformatiques : Eva-Maria Geigl, Diyendo Massilani & Thierry Grange
• Introduction dans le domaine de la protéomique et la paléoprotéomique : Caroline Tokarski
• Le point de vue des archéologues : Jérôme Dubouloz

25 janvier 2022 – après-midi
Autour d’un ou deux articles scientifiques en paléo/archéo-génomique analyse en profondeur, panorama et méthodes de paléo/archéo-génomique et génomique des populations pour montrer les points forts et les limites de l’approche paléo/archéo-génomique en expliquant les tenants et aboutissants de chacune des étapes pour permettre à la communauté des archéologues un regard éclairé et critique sur la plupart des travaux en paléogénomique. Réponses aux questions des participants concernant d’autres articles.
Encadrants : Diyendo Massilani et l’équipe de paléogénomique de l’Institut Jacques Monod

26 janvier 2022 – matin
Génétique et Archéologie : Autour d’un thème (domestication; néolithisation), on retracera la chronologie des questionnements des méthodes et des apports respectifs de chacune des disciplines, une analyse de l’évolution des méthodes et de la qualité des données sur les 10-15 dernières années de la paléo/archéo-génétique et paléo/archéo-génomique afin de permettre aux archéologues de remettre en contexte l’ensemble des informations qu’ils ont reçues au cours du temps: Quand et comment se sont construits les questionnements et les éventuelles impulsions/allers-retours qui ont produit des avancées significatives, ont levé des verrous, ou au contraire des divergences, des problèmes d’échelle d’analyse. Ceci permettra aussi de mettre en évidence la rapidité de l’évolution des méthodes et des concepts et des résultats obtenus au-delà de la dimension spectaculaire et parfois péremptoire des annonces des résultats obtenus dans les médias.
Animateurs : Anne Bridault, Jérôme Dubouloz, Diyendo Massilani et Eva-Maria Geigl

26 janvier 2022 – après-midi
Collaboration entre archéologues et généticiens. Discussion avec l’ensemble des participants autour des questions concernant :
• Interaction archéologues – généticiens : la discussion permettra à tous les participants de partager leurs expériences ce qui permettra une discussion approfondie sur les pratiques, les points forts et faibles dans les collaborations et les problèmes.
• Structuration de la communauté nationale et internationale des paléogénéticiens
• Ethique des analyses d’ossements humains et des questions sociétales qui en découlent (concept de races, remplacement des populations etc.).
• Questions des participants

Animatrice : Eva-Maria Geigl
Intervenants :

Eva-Maria Geigl, Thierry Grange, Pierre Kerner, Fabien Fauchereau : Université de Paris, CNRS, Institut Jacques Monod, UMR 7592
Guillaume Achaz : Université de Paris, Musée de l’Homme UMR 7206
Diyendo Massilani : Institut Max-Planck d’anthropologie évolutionniste, Allemagne
Anne Bridault : ArScAn UMR 7041- Archéologies environnementales, MSH Mondes
Jérôme Dubouloz : UMR 8215 “Trajectoires »
Caroline Tokarski : Université de Bordeaux, CBMN (Chimie & Biologie des Membranes et des Nano-objets)

Date limite d’inscription : 4 OCTOBRE 2021
Modalités d’inscription : Merci de remplir le formulaire d’inscription via le lien ci-après et le renvoyer par courriel, validé par le Directeur d’unité.
https://www.vjf.cnrs.fr/limesurvey2/index.php/921143/lang-fr

Inscription: Astrid Appert astrid.appert@cnrs.fr
Renseignement pédagogique : Eva-Maria Geigl eva-maria.geigl@ijm.fr

ARCHEOMIQUES du 24 au 26 janvier 2022

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